फसलों और उपज की उपज, गुणवत्ता और पोषण मूल्य विभिन्न जैव रासायनिक प्रक्रियाओं और नेटवर्क पर निर्भर हैं। ये प्रक्रिया जीन अभिव्यक्ति की तंग स्थानिक और अस्थायी विनियमन के तहत हैं। अध्ययनों से पता चलता है कि जीन की अभिव्यक्ति में मॉड्यूलेशन विशिष्ट फसलों में जीनोटाइप-निर्भर परिवर्तनों के लिए अग्रणी विभिन्न प्रक्रियाओं को प्रभावित करता है। विभिन्न किस्मों के माध्यम से मौजूदा जर्मप्लाज्म / कल्टिवारों में आनुवंशिक स्तर पर होने वाले बदलावों को समझना, बेहतर किस्मों को विकसित करने के लिए उत्पन्न जानकारी के उपयोग से बढ़ती जनसंख्या की मांग को पूरा करने के लिए उपज में वृद्धि हो सकती है। बेहतर पैदावार के लिए जीन के उपयोग से बेहतर उपज, तनाव सहनशीलता और संवर्धित पोषण गुणवत्ता के लिए इंजीनियरिंग फसलों के लिए नई रणनीति विकसित करने की आवश्यकता है। आणविक जीवविज्ञान और जैव प्रौद्योगिकी प्रभाग में, प्रमुख उद्देश्य विभिन्न प्रकार के उपज के लिए उपज और गुणवत्ता के लिए विभिन्न आनुवंशिक निर्धारकों के बारे में समझ विकसित करना है और फार्मर्स और उपभोक्ताओं के लाभों के लिए पौधे जीन का उपयोग करके बेहतर उपज और गुणवत्ता के लिए बेहतर पौधे की किस्में हैं। इन उद्देश्यों की पूर्ति के लिए विभिन्न फसलों पर जीन-माइनिंग, ट्रांसजेनिक प्लांट डेवलपमेंट और ऑर्गनोम-एडिटिंग तकनीकों का उपयोग किया जा रहा है।